He matriculado una asignatura transversal y posteriormente solicitaré reconocimiento de créditos por acreditación de idiomas. Si se me concede el reconocimiento, ¿se me anula la asignatura transversal automáticamente de la matrícula?

No. El reconocimiento de créditos por actividades formativas complementarias y la modificación de matrícula son dos procesos independientes.

Si se desea anular una asignatura previamente matriculada, hay que presentar solicitud de modificación de matrícula dentro de los plazos establecidos.

Más información sobre requisitos y procedimiento Normativa académica de los estudios de la Universidad de Alcalá (Madrid) (uah.es)