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Los másteres universitarios ofrecen una enseñanza especializada dentro del ámbito profesional o de investigación. Los másteres propios están orientados a la especialización profesional.
Los másteres universitarios están sometidos a un proceso de verificación, seguimiento y acreditación por el Ministerio de Educación que los reconoce como títulos válidos en todo el territorio nacional, y de acuerdo con el modelo europeo. Los másteres propios también están sometidos a un procedimiento de evaluación y de garantía de calidad, pero únicamente por la Universidad que los imparte. Los másteres universitarios dan acceso al doctorado, los másteres propios no.
Los másteres universitarios están sujetos al precio por crédito que fija la Comunidad de Madrid y que publica en su Boletín Oficial, mientras que el precio de los másteres propios es aprobado por el Consejo Social de esta Universidad.
Los másteres universitarios son los únicos que pueden obtener becas generales del MECD, y de otras instituciones, si bien en la Universidad de Alcalá, todos los másteres Propios ofrecen becas con cargo al presupuesto que genera el máster.
Al presentarse a oposiciones o concursos a la Administración Pública, las bases de la convocatoria de la oposición o concurso serán las que determinen si procede el reconocimiento y/o puntuación a asignar tanto al máster universitario como al máster propio.