Colegio San Ildefonso. Rectorado

A finales de 1498 Cisneros envió a Roma al abad de la Colegiata de San Justo y Pastor de Alcalá de Henares portando las preces en que se solicitaba la autorización pontificia para la fundación de la Universidad en Alcalá. En abril de 1499 el Papa Alejandro VI concede la bula:

<" a que se funde en Alcalá (lugar de aire saludable y abastecido de mantenimiento) un Colegio y Cátedras donde enseñen las Artes Liberales, la Teología y Sagrados Cánones...)

Bula que sería confirmada por los Papas Julio II, León X, y Clemente VIII, naciendo así el Colegio de San Ildefonso con un carácter marcadamente religioso y humanístico.
En 1498 se designa como arquitecto de las obras a Pedro Gumiel, a cuyo lado también trabajarían el arquitecto Pedro de Villaroel; el maestro de cantería Juan Gil, el maestro de yeserías Gutiérrez de Cárdenas y el maestro de carpintería Alonso de Quevedo.
Los edificios que había de albergar la manzana universitaria serían el Colegio Mayor de San Ildefonso, los dos Colegios de Gramáticos, los cuatro de Artistas, el de San Pedro y San Pablo y las viviendas para estudiantes.

En 1500, Cisneros bendice el primer sillar sobre el que se levantaría el edificio:
"En un hueco, encima de la primera piedra, se echó por su mano unas monedas de oro y plata y una imagen de bronce de fraile franciscano con sotana y capucha como de un palmo de grande en cuyo interior, pues era hueca, pusieron un pergamino con los nombres de Cisneros y Gumiel y la fecha de aquel día memorable. Todo ello en la esquina derecha del frontispicio.."
El 26 de julio de 1508 se abrieron las puertas a los primeros estudiantes, y hasta 1513 durarían las obras de esta "primera ciudad universitaria" (en esta fecha son fundados siete Colegios Menores en la Villa)
Las construcciones de Alcalá, incluida la universidad estaban cimentadas en piedra y se realizaron sobre dos hiladas de sillares sobre las que se construía el ladrillo. Los modestos materiales empleados fueron la causa de que en 1527 fuese necesario acondicionar su fábrica, sustituyéndola a partir de 1930 por otra de piedra: en 1553, Rodrigo Gil de Hontañón finalizó las obras de embellecimiento de la fachada principal con decoración escultórica en piedra jerarquizada en un potente cuerpo central.
En este sentido cabe destacar el comentario del rey Católico a Cisneros durante una visita en 1513 al Colegio :" He venido a censurar vuestra obra, pero no puedo hacer otra cosa sino admirarla por su maravilla; y ¿cómo teniendo tan hermosos planos habéis hecho solamente una fábrica de tierra y ladrillo? A lo que Cisneros respondió:"Señor, porque lo que yo ahora he levantado de tierra, los escolares y maestros que me sucedan lo edificarán con mármoles".