Biología Funcional y Biotecnología (D410)

El programa de doctorado en Biología Funcional y Biotecnología de la Universidad de Alcalá, establece un marco amplio para la realización de tesis doctorales para la ampliación del conocimiento en los aspectos funcionales de los seres vivos a todos los niveles de organización biológica: microorganismos, hongos, plantas y animales y de aproximación analítica: molecular, celular, individual, poblacional y taxonómica, así como las aplicaciones biotecnológicas derivadas de estos estudios especialmente en los ámbitos de la salud, mejora genética y alimentación humanas. El Programa es coherente con las líneas de investigación de los equipos participantes.

El programa se estructura en tres grandes líneas de investigación, que corresponden a los campos de investigación de las áreas de conocimiento integradas en el programa:

• Bases moleculares, genéticas y fisiológicas de la biología de las plantas. Incluye: Genómica estructural, comparativa y funcional de especies vegetales; Caracterización fenotípica y molecular de la diversidad genética; Elaboración de mapas genéticos y cromosómicos; Biología molecular del desarrollo en especies vegetales; Bases genéticas y moleculares del cultivo de tejidos y sus aplicaciones; Bases moleculares y fisiológicas de la respuesta de las plantas frente a condiciones de estrés biótico y abiótico. Herramientas bioinformáticas para el análisis genómico. Es de resaltar el elevado interés aplicado y social a la mejora de especies cultivadas y conservación de la biodiversidad de las especies silvestres.

• Respuesta celular. Incluye: Angiogénesis en cáncer; Células iniciadoras del cáncer; Citoquinas y cáncer; Receptores hormonales en cáncer; Rutas de transducción de señales en cáncer; Valor terapéutico de la biodiversidad: búsqueda de especies vegetales autóctonas y endémicas de la Península Ibérica de potencial interés para la obtención de nuevos fármacos; Sustancias de origen antitumoral de interés terapéutico en cáncer; Modelos in vivo de lesión testicular: nuevas sustancias de interés en regeneración tisular; Papel astroglial en la encefalopatía hepática. Es de resaltar la importancia social de la investigación biomédica en la salud humana.

• Potencial Biotecnológico y degradativo de microorganismos Incluye: Aplicaciones biotecnológicas de la fermentación microbiana en estado sólido de residuos agrícolas y forestales. Producción y caracterización de enzimas lignocelulolíticas producidas por actinobacterias y hongos filamentosos. Evaluación tecnológica de lacasas microbianas y sistemas lacasa-mediador en distintos procesos industriales. Procesos microbianos de oxidación avanzada para la eliminación de contaminantes. Establecimiento de indicadores microbianos en ecosistemas degradados. Micorrizas y cultivo in vitro de microorganismos. Es de resaltar la importancia de esta línea de investigación que cuenta con una importante demanda ecológica y de alicaciones industriales.

- Títulos novedosos.

La denominación del programa de doctorado es coherente con las líneas de investigación señaladas en el apartado anterior y responde a la necesidad de formar profesionales en investigación en las áreas más activas de la Biología y de mayor interés aplicado. Esta propuesta proviene de la conversión del Programa de doctorado de Ciencias de la Salud, D221: "Biomedicina" (interdepartamental), al que se suman nuevos equipos provenientes de otros Programas de Doctorado de Ciencias Experimentales de la Universidad de Alcalá vigentes con anterioridad a la nueva ordenación. Estos programas han estado vigentes durante años y en esta propuesta se trata de integrar a los equipos de investigación en el nuevo marco que establece el Real Decreto RD99/2011 para la ordenación de los estudios de doctorado. El título elegido se justifica en base al conjunto integrado de los proyectos de investigación de los equipos participantes y sus objetivos. Se trata de rentabilizar la acreditada experiencia docente y científica de todos los investigadores que participan en la organización, diseño y desarrollo del Programa en la UAH y ofrecer a la sociedad doctores profesionales formados en investigación básica y aplicada en Biología Celular, Genética, Fisiología Vegetal y Microbiología, con proyección en los campos de la salud, industria y medio ambiente.

De acuerdo con el Real Decreto 99/2011, de 28 de Enero, por el que se regulan las enseñanzas oficiales de doctorado, se considera un programa de doctorado a un conjunto de actividades conducentes a la adquisición de las competencias y habilidades necesarias para la obtención del título de Doctor. En el presente programa se trata por tanto de que el doctorando adquiera una formación avanzada orientada a la especialización académica o profesional de la investigación. En este contexto proponemos el Programa de Doctorado en Biología Funcional y Biotecnología en base al enorme desarrollo que han tenido las diferentes disciplinas biológicas que lo integran en los últimos años y su variada extensión al campo aplicado. El Doctorado supondrá la proyección de los conocimientos adquiridos por los estudiantes en la etapa de Grado y Máster para la formación de investigadores en el campo experimental. Por tanto, el objetivo fundamental del Programa es la formación de investigadores en las vertientes básica y aplicada de las áreas de Biología Celular, Biología Vegetal, Farmacognosia, Genética y Microbiología.

Numerosas universidades extranjeras, europeas (especialmente británicas), norteamericanas, asiáticas y australianas ofrecen un amplio abanico de oportunidades de formación en las mismas áreas que integran el presente programa. Una búsqueda en las universidades británicas en la mayor base de datos mundial de programas de doctorado: FindAPhD (The University of Glasgow), http://www.findaphd.com/ ofrece 529 respuestas de doctorado en Biología Celular, 290 en Genética, 190 en Microbiología, 103 en Biología Vegetal y 78 en Farmacognosia, de las cuales 121 se consideran de carácter aplicado.

A continuación se registran algunas universidades junto a su dirección web que ofrecen doctorado en algunas de las áreas de conocimiento del presente programa en universidades extranjeras:

• University of Manchester (UK).
• University of Leicester (UK).
• University of Glasgow (UK).
• University of Oxford (UK). 
• University of Leeds (UK). 
• University of Dundee (UK). 
• Newcastle University (UK).
• University of Birmingham (UK).
• University of Edinburgh (UK).
• University of Copenhagen (Dinamarca).
• University of Sydney (Australia).
• Sichuan University (China).
• Cornell University (EEUU).
• University of Chicago (EEUU)
• University of Wisconsin-Madison (EEUU)

Además, el análisis de los programas de Doctorado en las diversas universidades españolas relacionados con la presente propuesta nos permite constatar la realidad de una gran diversificación de temas y áreas implicadas, pero también la interacción metodológica, de criterios y de objetivos existente. Este hecho demuestra la oportunidad conceptual del programa interactivo que se presenta que permitirá una optimización de los recursos y tecnologías existentes en las instalaciones de las áreas involucradas y dará paso a una eficaz transformación de los dispersos programas de doctorado en un futuro programa común dentro de la Escuela de Doctorado de la UAH y en la dirección de la construcción del Espacio Europeo de Educación Superior.

- Estudiantes con dedicación a tiempo completo y a tiempo parcial.

Dado el carácter fundamentalmente experimental y el requerimiento de disponibilidad de un extenso horario de laboratorio en las instalaciones de los departamentos y áreas de la biología implicados, no se contempla la realización de Tesis a tiempo parcial dentro del Programa de Biología funcional y Biotecnología, salvo en casos excepcionales. Los estudiantes deberán dedicar el tiempo completo a la realización de la Tesis. Cualquier otro planteamiento deberá venir justificado en la solicitud de admisión del doctorando, y contar con la aceptación del director o directores de la Tesis. La comisión Académica decidirá sobre la admisión o no de las solicitudes de realización tesis a tiempo parcial.

COMPETENCIAS BÁSICAS Y GENERALES:

1. Comprensión sistemática de un campo de estudio y dominio de las habilidades y métodos de investigación relacionados con dicho campo.
2. Capacidad de concebir, diseñar o crear, poner en práctica y adoptar un proceso sustancial de investigación o creación.
3. Capacidad para contribuir a la ampliación de las fronteras del conocimiento a través de una investigación original.
4. Capacidad de realizar un análisis crítico y de evaluación y síntesis de ideas nuevas y complejas.
5. Capacidad de comunicación con la comunidad académica y científica y con la sociedad en general acerca de sus ámbitos de conocimiento en los modos e idiomas de uso habitual en su comunidad científica internacional.
6. Capacidad de fomentar, en contextos académicos y profesionales, el avance científico, tecnológico, social, artístico o cultural dentro de una sociedad basada en el conocimiento.

CAPACIDADES Y DESTREZAS PERSONALES:

1. Desenvolverse en contextos en los que hay poca información específica.
2. Encontrar las preguntas claves que hay que responder para resolver un problema complejo.
3. Diseñar, crear, desarrollar y emprender proyectos novedosos e innovadores en su ámbito de conocimiento.
4. Trabajar tanto en equipo como de manera autónoma en un contexto internacional o multidisciplinar.
5. Integrar conocimientos, enfrentarse a la complejidad

RELACIÓN DE LAS COMPETENCIAS BÁSICAS Y SU EVALUACIÓN

Será necesario estar en posesión de un título oficial español de grado o equivalente en Biología, Biología Sanitaria, Farmacia, Medicina, Ciencias Ambientales, Químicas o Ingenieros Agrónomos, y un máster oficial orientado hacia la ampliación de conocimientos en Biología Celular, Genética, Fisiología Vegetal o Microbiología.

Es imprescindible una sólida formación en los grados afines al perfil del programa y un buen nivel de inglés, especialmente en lectura, pero también oral y escrito. Asimismo, deberán poseer capacidad para sintetizar conocimientos de una determinada disciplina, ser capaces de evaluar datos de una manera crítica extrayendo conclusiones, y de aplicar el sentido analítico y crítico con creatividad de modo que le permita generar nuevas ideas en el ámbito de investigación del programa.

Dado que al programa de doctorado pueden acceder titulados de diferentes grados correspondientes a títulos de 300 ECTS o más, cuyos planes de estudio no incluyan créditos de formación en investigación, la Comisión Académica del programa de Biología Funcional y Biotecnología determinará para cada estudiante que solicite admisión, en función de su perfil de ingreso y la formación previa adquirida, los complementos formativos que pueda necesitar cursar para suplir las carencias formativas en materia de investigación. Dicha formación se concretará en la realización de hasta 8 ECTS de asignaturas de másteres oficiales del ámbito de las Ciencias de la Salud y Ciencias de la Universidad de Alcalá o de otra formación en investigación equivalente en valor formativo a los créditos procedentes de estudios de másteres de orientación a la investigación.

1. Con carácter general, para el acceso a un programa de doctorado será necesario estar en posesión de los títulos oficiales españoles de Grado, o equivalente, y de Máster Universitario, o equivalente, siempre que se hayan superado, al menos, 300 créditos ECTS en el conjunto de estas dos enseñanzas.

2. Asimismo podrán acceder quienes se encuentren en alguno de los siguientes supuestos.

Los estudiantes serán priorizados de acuerdo con los criterios que se especifican a continuación. Los criterios y procedimientos de admisión para estudiantes a tiempo parcial serán los mismos que los contemplados para los alumnos a tiempo completo. Para ser admitido, será necesario obtener, al menos, 50 puntos como resultado de sumar las puntuaciones del conjunto de los criterios.

Criterio 1. Expediente académico (hasta 70 puntos). La puntuación resultará de multiplicar la media en base 10 por 7.

• La nota media del expediente académico se calculará teniendo en cuenta la totalidad de los estudios realizados para completar los requisitos para el acceso a las enseñanzas de doctorado, incluidos todos los créditos o asignaturas superados, no solo los requeridos.
  
  Se calcularán separadamente la nota media de grado o titulación equivalente (que denotaremos por X_1) y la nota media de máster (que denotaremos por X_2), ambas con dos decimales. En cada caso se multiplicará el número de créditos de cada asignatura por la calificación obtenida, y posteriormente la suma de los productos de todas las asignaturas se dividirá por la suma total de los créditos.
  
  La nota media final se obtendrá (también con dos decimales) como la media ponderada por el número de créditos entre la nota media obtenida en el grado y la nota media obtenida en el máster. Es decir, será el resultado de (X_1*G + X_2*M)/(G+M) donde G denota el número de créditos realizados en el Grado, y M denota el número de créditos realizados en el Master.
   
• Para el caso de estudiantes que no hayan realizado estudios de máster, pero sí cursos de doctorado en programas en extinción regulados por el Real Decreto 778/98 de 30 de abril, y que hayan obtenido el título de DEA (Diploma de Estudios Avanzados), se obtendrá una nota equivalente a la media del máster a partir de las notas de dichos cursos de doctorado.
   
• Las notas medias de los títulos obtenidos en enseñanzas cursadas en dos o más universidades, deberán contener la totalidad de asignaturas y créditos superados, con la correspondiente puntuación. Las asignaturas convalidadas tendrán la equivalencia en puntos correspondiente a la calificación obtenida en el centro de procedencia; para las asignaturas adaptadas se computará la calificación obtenida en el centro de procedencia y el reconocimiento de créditos en que no exista calificación o que correspondan a actividades formativas no integradas en el plan de estudios no se tendrán en cuenta a efectos del cálculo de la nota media, de conformidad con lo establecido en el Real Decreto 1044/2003, de 1 de agosto, y Real Decreto 1125/2003, de 5 de septiembre.
   
• En el caso de estudios realizados parcial o totalmente en sistemas universitarios extranjeros adaptados al EEES, la nota media se realizará sobre la totalidad de los estudios de Grado o titulación equivalente. En el caso de que el número de créditos del Grado sea inferior a 240 créditos ECTS, la nota media se realizará sobre dichos estudios más la totalidad de los créditos superados en el máster, que deberán ser un mínimo de 300 créditos en el conjunto de ambos estudios.
   
• En el caso de estudios realizados parcial o totalmente en sistemas universitarios extranjeros no adaptados al EEES, la nota media se realizará sobre la totalidad de los estudios completados para la obtención del título, aplicando las equivalencias correspondientes a la ordenación de las enseñanzas universitarias españolas.

• En el caso de las notas medias de estudios realizados en el extranjero, tanto si estuvieran homologados o no, se estará a lo dispuesto en la Resolución de 16 de julio de 2008, de la Dirección General de Universidades, por la que se establece el criterio a aplicar para el cálculo de la nota media de los expedientes académicos de los estudiantes con título extranjero homologado.

Criterio 2. Conocimientos de idioma inglés (hasta 15 puntos). La máxima puntuación podrá ser obtenida acreditando poseer el nivel C1, superior, o también, si la legua materna del estudiante es el inglés, o si ha cursado sus estudios universitarios en dicha lengua. Se podrán obtener hasta 10 puntos al acreditar un nivel B2 y hasta 5 puntos al acreditar un nivel B1 de la lengua extranjera arriba indicada. En todos los casos, la acreditación del nivel de lengua extranjera se hará mediante presentación de un certificado oficial, de acuerdo con la tabla que figura en el siguiente enlace

Criterio 3. Podrán obtenerse hasta 15 puntos adicionales por los siguiente méritos: Producción científica del candidato (autoría de publicaciones o documentos científico-técnicos, participación en congresos), estancias Erasmus, SICUE-Séneca o similares, cursos de especialización recibidos fuera de las enseñanzas oficiales universitarias, y experiencia profesional previa relacionada con la temática del programa de doctorado.

También podrán tenerse en cuenta hasta dos cartas de recomendación redactadas por profesores universitarios, investigadores y, excepcionalmente, profesionales que hayan tenido relación con el candidato y hayan participado en su formación académica o profesional. La Comisión Académica podrá entrar en comunicación directa con los autores de dichas referencias al objeto de recabar más información sobre el candidato. En ningún caso se valorarán, en este apartado, méritos tenidos en cuenta en los apartados anteriores.

Procedimientos de admisión para estudiantes con necesidades educativas especiales derivadas de la discapacidad.

Los estudiantes con discapacidad reciben atención específica a través de la Unidad de Integración y Coordinación de Políticas de Discapacidad de la Universidad de Alcalá (UICPD). Esta unidad es un servicio especializado de apoyo y asesoramiento que tiene por objeto el impulso, desarrollo, coordinación y evaluación de todas aquellas actuaciones adoptadas en y desde la UAH que favorezcan la plena inclusión de las personas con diversidad funcional en el ámbito universitario. Esta Unidad atiende de manera personal e individualizada a los alumnos con discapacidad que se ponen en contacto con ella y les apoya, asesora e informar de cualquier necesidad o duda que tengan. Todos los servicios que se prestan se pueden consultar en la siguiente dirección web

Entre los procedimientos recogidos cabe destacar los siguientes documentos:

• Protocolo de Actuación en la Atención a Personas con Discapacidad que tiene por objeto precisar y acelerar los pasos a seguir en la atención a estudiantes con discapacidad de la Universidad de Alcalá siendo su finalidad servir como herramienta de orientación, tanto a los estudiantes con discapacidad, como al resto del personal universitario.
• Plan de Acogida a los estudiantes con discapacidad de la Universidad de Alcalá que pretende la consecución de una integración plena en el seno de la vida universitaria.
• Guía de recursos para estudiantes con discapacidad.

• Manuel Hernández Cutuli, TU, (coordinador), Dpto. Biomedicina y Biotecnología
• María del Mar Royuela García, T.U. Dpto. de Biomedicina y Biotecnología, UAH
• Manuel Hernández Cutuli, T.U. Dpto. de Biomedicina y Biotecnología, UAH
• Juan Manuel González Triguero, C.U. Dpto. de Biomedicina y Biotecnología, UAH
• María del Carmen Díaz-Sala Galeano, T.U. Dpto. de Ciencias de la Vida, UAH

EQUIPO 1

LÍNEA DE INVESTIGACIÓN Nº 1: BASES MOLECULARES, GENÉTICAS Y FISIOLOGICAS DE LA BIOLOGIA DE LAS PLANTAS

Avalistas

• Ferrer Cebrián, Esther. Universidad de Alcalá.
• Fominaya Yagüe, Araceli. Universidad de Alcalá.
• Jouve de la Barreda, Nicolás.Universidad de Alcalá.

Líneas de investigación asociadas al equipo:

Área de Genética

• LINEA 1 Genómica estructural, comparativa y funcional de especies vegetales.
• LINEA 2 Caracterización fenotípica y molecular de la diversidad genética.
• LINEA 3 Elaboración de mapas genéticos y cromosómicos.
• LINEA 4 Biología molecular del desarrollo en especies vegetales.
• LINEA 5 Herramientas bioinformáticas para el análisis genómico.

Área de Fisiología Vegetal

• LINEA 6 Bases moleculares y fisiológicas de la respuesta de las plantas frente a condiciones de estrés.
• LINEA 7 Biología molecular del desarrollo en plantas.
• LINEA 8 Bases genéticas y moleculares del cultivo de tejidos y sus aplicaciones.
• LINEA 9 Desarrollo de nuevos marcadores moleculares y análisis genómico de la biodiversidad vegetal.

EQUIPO 2

LÍNEA DE INVESTIGACIÓN Nº 2 :RESPUESTA CELULAR

Avalistas

• Fraile Lainez, Benito. Universidad de Alcalá.
• Paniagua Gómez Álvarez, Ricardo. Universidad de Alcalá.
• Royuela García, Mª Mar. Universidad de Alcalá.

Líneas de investigación asociadas al equipo:

• LINEA 10 Angiogénesis en cáncer.
• LINEA 11 Células iniciadoras del cáncer.
• LINEA 12 Citoquinas y cáncer.
• LINEA 13 Receptores hormonales en cáncer.
• LINEA 14 Rutas de transducción de señales en cáncer.
• LINEA 15 Valor terapéutico de la diversidad: búsqueda de especies vegetales autóctonas y endémicas de la Península Ibérica de potencial interés para la obtención de nuevos fármacos.
• LINEA 16 Sustancias de origen antitumoral de interés terapéutico en cáncer.
• LINEA 17 Modelos in vivo de lesión testicular: nuevas sustancias de interés en regeneración tisular.
• LINEA 18 Papel astrogliar en la encefalopatía hepática.

EQUIPO 3

LÍNEA DE INVESTIGACIÓN Nº 3: POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO Y DEGRADATIVO DE MICROORGANISMOS

Avalistas

• Arias Fernández, Enriqueta. Universidad de Alcalá.
• Hernández Cutulí, Manuel. Universidad de Alcalá.
• Rodríguez Bullido, Juana. Universidad de Alcalá.

Líneas de investigación asociadas al equipo:

• LINEA 19 Aplicaciones biotecnológicas de la fermentación microbiana en estado sólido de residuos agrícolas y forestales.
• LINEA 20 Producción y caracterización de enzimas lignocelulolíticas producidas por actinobacterias y hongos filamentosos.
• LINEA 21 Evaluación tecnológica de lacasas microbianas y sistemas lacasa-mediador en distintos procesos industriales.
• LINEA 22 Procesos microbianos de oxidación avanzada para la eliminación de contaminantes.
• LINEA 23 Establecimiento de indicadores microbianos en ecosistemas degradados.
• LINEA 24 Micorrizas y cultivo in vitro de microorganismos.

• Una vez admitido en el Programa de Doctorado, la correspondiente Comisión Académica asignará a cada doctorando un Tutor doctor con acreditada experiencia investigadora, vinculado a la Escuela de Doctorado que organiza el Programa.


• La Comisión Académica, oído el doctorando, podrá modificar el nombramiento del Tutor del mismo en cualquier momento del periodo de realización del doctorado, siempre que concurran razones justificadas.


• Una vez admitido, la Comisión Académica responsable del Programa asignará a cada doctorando un Director de Tesis que podrá ser coincidente o no con el Tutor al que se refiere el apartado anterior. Dicha asignación podrá recaer sobre cualquier doctor español o extranjero, con experiencia acreditada investigadora, con independencia de la universidad, centro o institución en que preste sus servicios.
  
  La Tesis podrá ser codirigida por otros doctores cuando concurran razones de índole académico, como puede ser el caso de la interdisciplinariedad temática o los programas desarrollados en colaboración nacional o internacional, previa autorización de la Comisión Académica del Programa de Doctorado. Dicha autorización podrá ser revocada con posterioridad si, a juicio de la Comisión Académica, la codirección no beneficia el desarrollo de la Tesis. En caso de que se considere la participación de tres o más codirectores, se deberá pedir autorización a la Comisión de Estudios Oficiales de Posgrado.


• El Director de una Tesis Doctoral será el máximo responsable de la coherencia e idoneidad de las actividades de formación, del impacto y novedad en su campo de la temática de la Tesis Doctoral y de la guía en la planificación y su adecuación, en su caso, a los de otros proyectos y actividades donde se inscriba el doctorando.
  
  El Director de una Tesis Doctoral deberá contar con una acreditada experiencia investigadora; en caso de que haya codirectores, esta cualificación solo será requerida a uno de ellos.


• A efectos de la acreditación de la experiencia investigadora mencionada en este Reglamento, se valorarán, entre otros, los siguientes criterios alternativos: dirección de proyectos de investigación, participación en proyectos de investigación, dirección de tesis doctorales y publicaciones, considerando en todo caso que la condición se satisface cuando se acredite, como mínimo, un sexenio obtenido en los últimos diez años.


• La Comisión Académica, oído el doctorando, podrá modificar el nombramiento de Director de Tesis del mismo en cualquier momento del periodo de realización del doctorado, siempre que concurran razones justificadas.

El programa se estructura en tres grandes líneas de investigación, que corresponden a los campos de investigación de las áreas de conocimiento integradas en el programa:

1. Bases moleculares, genéticas y fisiológicas de la biología de las plantas. Incluye:
   • Genómica estructural, comparativa y funcional de especies vegetales.
   • Caracterización fenotípica y molecular de la diversidad genética.
   • Elaboración de mapas genéticos y cromosómicos.
   • Biología molecular del desarrollo en especies vegetales.
   • Herramientas bioinformáticas para el análisis genómico.
   • Bases moleculares y fisiológicas de la respuesta de las plantas frente a condiciones de estrés.
   • Biología molecular del desarrollo en plantas.
   • Bases genéticas y moleculares del cultivo de tejidos y sus aplicaciones.
   • Desarrollo de nuevos marcadores moleculares y análisis genómico de la biodiversidad vegetal.
2. Respuesta celular. Incluye:
   • Angiogénesis en cáncer.
   • Células iniciadoras del cáncer.
   • Citoquinas y cáncer.
   • Receptores hormonales en cáncer.
   • Rutas de transducción de señales en cáncer.
   • Valor terapéutico de la biodiversidad: búsqueda de especies vegetales autóctonas y endémicas de la Península Ibérica de potencial interés para la obtención de nuevos fármacos.
   • Sustancias de origen antitumoral de interés terapéutico en cáncer.
   • Modelos in vivo de lesión testicular: nuevas sustancias de interés en regeneración tisular.
   • Papel astroglial en la encefalopatía hepática.
3. Potencial Biotecnológico y degradativo de microorganismos. Incluye:
   • Aplicaciones biotecnológicas de la fermentación microbiana en estado sólido de residuos agrícolas y forestales.
   • Producción y caracterización de enzimas lignocelulolíticas producidas por actinobacterias y hongos filamentosos.
   • Evaluación tecnológica de lacasas microbianas y sistemas lacasa-mediador en distintos procesos industriales.
   • Procesos microbianos de oxidación avanzada para la eliminación de contaminantes.
   • Establecimiento de indicadores microbianos en ecosistemas degradados.
   • Micorrizas y cultivo in vitro de microorganismos.

A la vista de las competencias básicas y generales, la Universidad de Alcalá desarrollará una serie de actividades formativas coordinadas por la Escuela de Doctorado, en colaboración con los coordinadores de los programas.

Serán válidas para todos los programas. Normalmente serán organizadas por la Escuela de Doctorado, aunque podrán aprovecharse las iniciativas que haya activas en distintos departamentos. La Comisión Permanente de la Escuela de Doctorado será la responsable de su coordinación.

La Escuela de Doctorado de la Universidad de Alcalá garantizará que cada curso académico se impartan un mínimo de 6 actividades formativas transversales, todas ellas de carácter optativo, durante los 3 años que dura el periodo de investigación, a tiempo completo, o los 5 años que dura a tiempo parcial.

Estas actividades persiguen desarrollar algunas de las competencias y capacidades personales que se describen en el RD 99/2011. En todo caso, estas actividades no serán la única vía para alcanzar esas competencias: el trabajo personal del doctorando, bajo la dirección de su Director y su Tutor, también servirán para ello.
 

Seminarios.

a) Datos básicos.

La Escuela de Doctorado ofertará anualmente un conjunto de seminarios que persiguen que los investigadores en formación puedan ir adquiriendo determinadas competencias a lo largo de su periodo doctoral. Estos seminarios se podrán impartir en castellano o en inglés.
Tendrá carácter optativo.

-Nº de horas: Entre 30 y 150 horas aproximadamente. Se ofertarán un mínimo de 5 al año, y durarán entre 1 y 5 días a tiempo completo o parcial. Con preferencia se deberán cursar durante el primer o segundo año de los estudios de doctorado.

-Detalle y planificación de las actividades.

• El marco de la investigación científica: Bases filosóficas, generación y contraste de hipótesis, lógica de la investigación, paradigmas del método científico, etc. Contribuye a alcanzar la competencia CB14.
• Presentación oral de trabajos de investigación: tesis doctoral, seminarios, congresos. Contribuye a alcanzar la competencia CB15.
• Presentación escrita: artículos, informes, tesis doctorales. Contribuye a alcanzar la competencia CB15.
• Búsqueda y gestión de recursos bibliográficos, catálogos, programas de gestión bibliográfica. Contribuye a alcanzar la competencia CA01.
• Aspectos éticos en la investigación: tutoría y plagio, trabajo en equipo, investigación con material biológico-humano. Contribuye a alcanzar la competencia CA06.
• Preparación de proyectos y contratos: búsqueda de recursos para la investigación. Contribuye a alcanzar la competencia CB12.
• La comunicación científica en los medios de opinión: blogs, radio, televisión, redes sociales. Contribuye a alcanzar la competencia CB15.
• Dinámica de grupos: técnicas de trabajo en equipo. Contribuye a alcanzar la competencia CA04.
• Fotografía científica: presentación de resultados. Contribuye a alcanzar la competencia CB15.
• Creación de empresas de base tecnológica, autoempleo, patentes. Contribuye a alcanzar la competencia CA03.
• Recursos cooperativos en internet. Contribuye a alcanzar la competencia CB15.

b) Detalle de procedimientos de control.

Para el control de las actividades se solicitará al doctorando la realización de un informe descriptivo y valorativo de la actividad en la que ha participado.
El objetivo de los seminarios no es que el estudiante adquiera las competencias en el momento de su realización, sino que esté en disposición de adquirirlas, probablemente con cierta práctica, a lo largo de su periodo de investigación. Por este motivo, la consecución de las competencias será evaluada por el director y el tutor a lo largo de este periodo.Debe tenerse en cuenta que estás competencias se pueden obtener por otros medios a lo largo del desarrollo de la tesis doctoral.

c) Actuaciones de movilidad.

La Escuela de Doctorado, teniendo en cuenta el presupuesto asignado, convocará, de manera anual, bolsas de viaje, con objeto que los doctorandos puedan, por un lado, asistir a Congresos, Seminarios, Jornadas, etc, y por otro, que puedan realizar estancias de investigación en instituciones y/o empresas o Prácticas en Empresas relacionadas con su ámbito de investigación.

De la misma manera, la UAH, dentro de su Plan de Incentivación a la Investigación, del Programa Propio del Vicerrectorado de Investigación, realizará las siguientes actuaciones:

• Ayudas de Bolsas de Viaje para la presentación de ponencias, comunicaciones o posters en Congresos Internacionales.

Por último, aquellos doctorandos que disfruten de Becas de FPU o FPI del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte, tendrán la obligación de solicitar tanto las Bolsas de Viaje como las Ayudas de Movilidad asociadas a los respectivos programas.

Jornadas de jóvenes investigadores.

a) Datos básicos.

-Nº de horas: 15 horas cada Jornada. La Universidad de Alcalá organiza estas jornadas cada dos años. Asistirán tanto los alumnos a tiempo completo como a tiempo parcial.
Se deberán cursar durante el segundo o tercer año de los estudios de doctorado. En estas Jornadas podrá haber presentaciones en castellano o en inglés.
Tendrá carácter optativo.

-Detalle y planificación de las actividades.
La Universidad de Alcalá viene celebrando desde hace varios años unas jornadas de Jóvenes Investigadores en las que los doctorandos presentan el avance de sus trabajos ante sus propios compañeros y profesores de la Universidad. En 2012 se han celebrado las IV jornadas, que, hasta la fecha, se desarrollan con carácter bienal. Contribuye a alcanzar las competencias CB15 y CA06.

b) Detalle de procedimientos de control.

El control de esta actividad se realizará mediante la valoración de los trabajos de los doctorandos presentados durante estas Jornadas. En relación con las Jornadas señaladas, las competencias a las que se hace referencia serán evaluadas por el director y tutor a lo largo de la duración del periodo de investigación. Debe tenerse en cuenta que estás competencias se pueden obtener por otros medios a lo largo del desarrollo de la tesis doctoral.

c) Actuaciones de movilidad.

En alguna ocasión, estas jornadas pueden ser organizadas de manera conjunta con otras universidades, tanto de nuestro entorno más cercano (la Comunidad de Madrid) como del resto del Estado o de cualquier país. En ese caso se facilitará la participación y se convocarán becas de viaje que permitan la asistencia de los doctorandos a las jornadas que se celebren fuera de la Comunidad de Madrid.

La Escuela de Doctorado, teniendo en cuenta el presupuesto asignado, convocará, de manera anual, bolsas de viaje, con objeto que los doctorandos puedan, por un lado, asistir a Congresos, Seminarios, Jornadas, etc, y por otro, que puedan realizar estancias de investigación en instituciones y/o empresas o Prácticas en Empresas relacionadas con su ámbito de investigación.

Estancias de investigación en empresas o instituciones.

a) Datos básicos

-Nº de horas: Entre 140 y 420 horas, por lo tanto, se indicará una media de 210 horas. Entre 4 y 12 semanas, a tiempo completo y a tiempo parcial.

Los estudiantes a tiempo completo deberán realizar esta actividad, preferentemente, durante el segundo o tercer año de los estudios de doctorado. Los estudiantes a tiempo parcial deberán de realizar esta actividad, preferentemente, durante el cuarto o quinto año de los estudios de doctorado. Esta actividad se podrá realizar en castellano o en inglés, dependiendo de la empresa en la que se desarrollen.

Tendrá carácter optativo.

-Detalle y planificación de las actividades.

Con el objetivo de que los doctorandos puedan comprender mejor el funcionamiento del mundo empresarial, se ofrecerán estancias de investigación en empresas o instituciones que tengan departamentos de investigación, de entre 4 y 12 semanas, con aquellas entidades con las que se firmen convenios.

En este momento la UAH tiene más de 400 convenios firmados con empresas en el ámbito de posgrado y unas 2500 en el ámbito del grado. El objetivo de estas estancias, a diferencia de las prácticas en empresa que se realizan en Grado o Master, es que el investigador en formación comprenda el funcionamiento de un departamento de investigación de una empresa del sector en el que está desarrollando su Tesis Doctoral, y que pueda incorporar métodos de investigación provenientes del mundo empresarial al desarrollo de su investigación. Contribuye a alcanzar las competencias CA03, CA4 y CB12.

b) Detalle de procedimientos de control.

Al término del periodo de estancia, el doctorando deberá presentar una Memoria de Estancia de Investigación que recogerá de modo significativo y estructurado, los resultados de sus experiencias y de su proceso de aprendizaje, así como reflexiones y aportaciones personales a partir de la experiencia. Por otro lado, para la valoración de esta actividad, se tendrá también en cuenta el informe que emita el tutor de la empresa o institución que se haya hecho cargo de la supervisión de la estancia.

Las competencias serán evaluadas por el tutor del doctorando y por el Director de la Tesis, quienes tendrán en cuenta la Memoria de Estancia de Investigación y el informe del tutor de la empresa.

Debe tenerse en cuenta que estás competencias se pueden obtener por otros medios a lo largo del desarrollo de la tesis doctoral.

c) Actuaciones de movilidad.

En caso de que las estancias se realicen fuera de la Comunidad de Madrid, se procurará que la cuantía de la beca que pague la empresa sea suficiente para la manutención del estudiante. Consideramos muy relevante destacar la actividad de Estancias de Investigación en empresas o instituciones, siguiendo el modelo que existe en otros países de nuestro entorno.

La Escuela de Doctorado, teniendo en cuenta el presupuesto asignado, convocará, de manera anual, bolsas de viaje, con objeto que los doctorandos puedan, por un lado, asistir a Congresos, Seminarios, Jornadas, etc, y por otro, que puedan realizar estancias de investigación en instituciones y/o empresas relacionadas con su ámbito de investigación.

Seminario de Análisis de Datos Y Modelización Estadística en los entornos R y Matlab

a) Datos básicos:

• Nº de horas: 10 horas. Se deberá cursar el primer año de la fase de investigación, en 2º Cuatrimestre.
• Carácter: optativo.
• Contribuye a alcanzar las competencias: CA3 y CB11.

- Detalle y planificación de las actividades

R y Matlab son dos lenguajes interactivos de programación de alto nivel utilizados en la computación científica. Ambos lenguajes tienen mucho en común, pero también tienen fortalezas diferentes.
Por ejemplo, R está más indicado para el análisis estadístico avanzado de datos y Matlab para operar con ecuaciones diferenciales. El uso extendido de ambos lenguajes ha hecho que exista una creciente disponibilidad de código de libre acceso que cubre buena parte las necesidades de análisis de datos y modelización de los investigadores. Además, existen programas que permiten utilizar código desarrollado para un entorno en el otro y viceversa.
Este seminario, dirigido a los estudiantes inscritos en programas de doctorado de la rama de ciencias, tiene por objeto proporcionarles el entrenamiento para trabajar en ambos entornos, dándoles además abundante información para que puedan profundizar de forma autónoma en la utilización de los mismos.

b) Procedimiento de control

La evaluación de las actividades formativas se llevará a cabo por el profesor o profesores responsables de su organización. En el caso de los cursos-seminarios, el grupo encargado de organizar la docencia establecería un procedimiento claro de evaluación, que se publicará al mismo tiempo que el anuncio de cada actividad, preferentemente mediante trabajos prácticos o ejercicios escritos.
Los doctorandos con dedicación a tiempo parcial deberán cumplir con el mismo nivel de exigencia académica que el resto.

Taller sobre el proceso de publicación científica.

a) Datos básicos:

• Nº de horas: 10 Se deberá cursar el segundo año de la fase de investigación, en el primer cuatrimestre.
• Carácter: obligatorio.
• Contribuye a alcanzar las competencias: CB15, CB16, CA05, CA06.

- Detalle y planificación de las actividades

El Taller del proceso de publicación científica pretende dar las competencias necesarias a los estudiantes de Doctorado de la rama de Ciencias para que aborden con éxito la publicación de los resultados de su investigación en revistas científicas de prestigio de forma eficaz y con la máxima calidad posible. Se trata de una continuación natural de las actividades formativas transversales, cuyo objeto principal es el abordaje de todas la etapas del proceso de publicación desde la elaboración del artículo, de la carta al Editor poniendo de manifiesto la novedad del trabajo y su relevancia científico-técnica, conocer los mecanismos del proceso de evaluación del trabajo para su posible publicación mediante el método de revisión por pares (peer review), elaboración de las respuestas a los requerimientos de editor y de los evaluadores/referees, elaboración del manuscrito revisado y revisión de las pruebas de imprenta.
También se pretende que los doctorandos se familiaricen con las diferentes modalidades de textos científicos, tales como Editorials, Letters to Editor, Tutorial and Critical Reviews, Perspectives, Personal Accounts, Short Communications, Technical Notes, Data papers y Full papers.

b) Procedimiento de control

La evaluación de esta actividad formativa se llevará a cabo por parte de la Comisión Académica del Programa de Doctorado de Biología Funcional y Biotecnología, teniendo en cuenta la documentación presentada (resumen de la actividad realizada con el visto bueno del Director y Tutor de tesis) remitida por el doctorando para la valoración anual del Plan de Investigación y el Documento de Actividades realizadas. La consecución de las competencias será evaluada por el director y el tutor.
Los doctorandos con dedicación a tiempo parcial deberán cumplir con el mismo nivel de exigencia académica que el resto.

Estado de Avance del Plan de Investigación

a) Datos básicos:

• Nº de horas: 8 h por año
• Idioma: se impartirán en español.
• Carácter: optativo.
• Contribuye a alcanzar las competencias: Básicas y Generales: CB1.1, CB1.2, CB1.4, CB1.5 y CB1.6; y las Capacidades y destrezas personales:  CA02, CA03, CA04, CA05, y CA06

b) Detalle y planificación

A efectos de contribuir al seguimiento de los doctorandos, favorecer el debate de ideas científicas, presentación de resultados y el planteamiento de problemas metodológicos entre los estudiantes y expertos independientes, el Programa organizará un proceso intermedio de supervisión del progreso de la tesis doctoral, mediante una presentación oral frente a una comisión integrada por profesores del Programa, pero diferentes del Director/Tutor y de la Comisión Académica. Puesto que los planes de investigación abarcan temáticas muy variadas, la Comisión de profesores que evaluará las presentaciones orales de los doctorandos estará formada por un representante de cada línea principal de investigación del Programa: Genética, Fisiología Vegetal, Biología Celular y Microbiología.

Dado que los doctorandos deben someterse a una evaluación anual, a principios de junio o de diciembre (dependiendo de su fecha de matrícula), las presentaciones orales se realizarán en el mes anterior al de la evaluación que corresponda a cada doctorando (mayo y noviembre), en un mismo día, dependiendo del número de expositores. Asimismo, en atención a la actual situación socio-sanitaria y al hecho de que no todos los doctorandos desarrollan su actividad investigadora en la Universidad de Alcalá, las presentaciones se realizarán en la modalidad on-line, a través de la plataforma Blackboard.

Cada presentación consistirá en: 1- una breve introducción del plan de investigación del doctorando, centrándose sobre todo en los objetivos a alcanzar; 2- resultados conseguidos en el periodo anterior al de la presentación, para doctorandos que se encuentren en su 2do. año o posteriores; 3- resultados alcanzados y actividades realizadas en el periodo objeto de la presentación y 4- problemas encontrados y próximos pasos. El tiempo de exposición del doctorando será de hasta 30 min y la Comisión tendrá 30 min para formular preguntas y debatir con el doctorando. En cualquier caso, estos tiempos serán flexibles y podrán ser modulados por la Comisión de acuerdo con cada caso particular. Para ello, la sala de Blackboard tendrá hora de inicio, pero no de finalización. Por otra parte, se espera que la Comisión aporte una visión independiente al desarrollo del trabajo de cada doctorando, contribuyendo a su seguimiento y, en su caso, planteando propuestas constructivas.

c) Procedimiento de control

La comisión velará porque los estudiantes mantengan la asistencia (obligatoria) durante todas las sesiones y elevará a la Comisión Académica un breve informe sobre la presentación de cada doctorando. Asimismo, las sesiones podrán ser grabadas, en cuyo caso estarán a disposición de los doctorandos y la Comisión Académica. Actividad de carácter anual y obligatoria
 

ACTUACIONES DE MOVILIDAD

Asistencia a Congresos y Conferencias

a) Datos básicos:

• Nº de horas: (30 horas de asistencia al congreso y 20 trabajo personal o en grupo).
• Carácter: obligatorio.
• Contribuye a alcanzar las competencias CA06, CB15.

Se deberá cursar entre el primer y el tercer año de la fase de investigación.

- Detalle y planificación

Cada doctorando planificará conjuntamente con el tutor al menos 2 actividades / año a las que el doctorado asistirá (Congresos o Jornadas científicas nacionales o internacionales).
Se considerará obligatoria la asistencia a las sesiones del Congreso relacionadas con el trabajo del doctorando.
El doctorando elaborará un documento de síntesis, incluyendo las reflexiones generadas en la actividad desarrollada.

b) Procedimiento de control

Se requerirá el certificado de participación. La evaluación de esta actividad formativa se llevará a cabo por parte de la Comisión Académica del Programa de Doctorado de Biología Funcional y Biotecnología En caso de haber presentado una comunicación, se evaluará su calidad atendiendo a criterios de creatividad, profundización, aspectos formales, innovación, etc. En caso de no haberse presentado una comunicación se evaluará Grado de elaboración del documento de síntesis de la actividad desarrollada. Se valorará positivamente el haber preparado la presentación en grupo. Se requerirá el visto bueno del tutor o director y la evaluación formará parte del registro individualizado de las actividades de doctorado al que hace referencia el artículo 2.5 del Real Decreto. La consecución de las competencias será evaluada por el director y el tutor.
Los doctorandos con dedicación a tiempo parcial deberán cumplir con el mismo nivel de exigencia académica que el resto.

Estancias de investigación en centros nacionales o internacionales de reconocido prestigio.

a) Datos básicos

• Nº de horas: Entre 420 a 1050 horas. De 3 a 6 meses (a realizar una vez durante el periodo de investigación) Planificación temporal: a lo largo del año académico (cuando proceda).
• Idioma: la lengua de impartición: castellano o inglés.
• Contribuye a alcanzar las competencias: CB11, CB12, CB13, CB 14, CB15, CB16, CA02, CA03, CA04, CA05 y CA06.

Los estudiantes a tiempo completo deberán realizar esta actividad, preferentemente, durante el segundo o tercer año de los estudios de doctorado.
Los estudiantes a tiempo parcial deberán de realizar esta actividad, preferentemente, durante el cuarto o quinto año de los estudios de doctorado.
Todos los doctorandos del Programa de Biología Funcional y Biotecnología tendrán la obligación de realizar una estancia de formación en una unidad de investigación externa al programa, de un mínimo de dos meses a partir del segundo año de la realización de la Tesis doctoral.
Se elegirá Centro de investigación de común acuerdo entre el doctorando y su director, con el visto bueno del tutor.

- Detalle y planificación:

Realización de tareas de investigación que formen parte del desarrollo de la Tesis Doctoral del doctorando en otros centros de investigación, preferiblemente en el extranjero. Mediante esta actividad formativa, se pretende que el doctorando aprenda a trabajar en el seno de otro equipo de investigación bajo la dirección de un Investigador externo, permitiéndole a su vez entrar en contacto con otras tecnologías y equipamiento científico distinto o no disponible en su laboratorio de origen. Esta actividad formativa permitirá también llevar a cabo un trasvase de conocimientos al equipo de investigación de origen.
Asimismo, esta actividad permitirá al doctorando la obtención de la mención de Doctor internacional tal y como dispone el artículo 15 del Real Decreto 99/2011 de 28 de enero.

b) Procedimiento de adaptación

La evaluación de esta actividad formativa se llevará a cabo por parte de la Comisión Académica del Programa de Doctorado teniendo en cuenta la documentación presentada (resumen de la actividad realizada con el visto bueno del Director y Tutor de tesis, y certificado de asistencia firmado por el centro de acogida) remitida por el doctorando para la valoración anual del Plan de Investigación y el Documento de Actividades realizadas.
No obstante lo anterior, la evaluación de esta actividad contemplará una exposición pública breve en lengua inglesa sobre los resultados obtenidos durante la realización de la estancia en un foro constituido por todos los estudiantes del programa de Doctorado.
Los doctorandos con dedicación a tiempo parcial deberán cumplir con el mismo nivel de exigencia académica que el resto.

c) Actuaciones de movilidad

Los doctorandos serán asesorados por el director de Tesis en la elección de un Centro de Investigación de reconocido prestigio nacional o, preferiblemente extranjero en aras de fomentar el Doctorado con Mención Internacional. Se facilitará la incorporación del Doctorando al Centro de Investigación correspondiente solicitando las Ayudas de Movilidad a las que el Programa de Doctorado tiene acceso.
La Escuela de Doctorado, teniendo en cuenta el presupuesto asignado, convocará, de manera anual, bolsas de viaje, con objeto que los doctorandos puedan realizar estancias de investigación en instituciones y/o empresas o Prácticas en Empresas relacionadas con su ámbito de investigación.
De la misma manera la UAH, dentro de su Plan de Incentivación a la Investigación, del Programa Propio del Vicerrectorado de Investigación, realizará las siguientes actuaciones:

• Ayudas de movilidad para el Personal Investigador en Formación para incentivar la realización de estancias, de 1 a 3 meses, en centros extranjeros de reconocido prestigio, preferentemente dentro del Espacio Europeo de Investigación, con el fin de mejorar su formación y el desarrollo de su tesis doctoral.

• Ayudas de movilidad para el personal docente y el personal investigador. Para realizar estancias de corta duración, de hasta dos meses, en centros de investigación extranjeros, preferentemente dentro del EEI.

Por último, aquellos doctorandos que disfruten de Becas de FPU o FPI del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte, tendrán la obligación de solicitar tanto las Bolsas de Viaje como las Ayudas de Movilidad asociadas a los respectivos programas.
En aquellos programas que puedan contar con Mención hacia la excelencia se podrá ofrecer a los doctorandos la posibilidad adicional de participar en las convocatorias de ayudas para la realización de estancias de investigación que se convocan anualmente para este tipo de programas.
Relación de centros de investigación nacionales y extranjeros donde los estudiantes del Doctorado de los equipos de investigación que participan en el programa de Biología Funcional y Biotecnología han realizado con anterioridad y podrán realizar en adelante tareas de investigación dentro del programa de movilidad.

• Department of Human Genetics, University of Würzbug, Biozentrum. Am Hubland.
• D-97074 Wúrzbug Germany.
• Research Scientist, Bioproducts and Bioprocesses, Agriculture & Agri-Food, Canada Room 2087, KW Neatby Building, Central Experimental Farm, 960 Carling Avenue, Ottawa, Ontario K1A 0C6 Canada.
• Department of Plant & Wildlife Sciences, Brigham Young University, 275 WIDB, Provo, UT 84602 USA.
• Departamento de Ecología, Genética y Evolución, Fac. Ciencias Exactas y Naturales, Intendente Guiraldez y Costanera Norte, Pabellón 2, Piso 4, Universidad de Buenos Aires, 1428 Buenos Aires-Argentina.
• Aquatic, Ecology and Biology¿ Department, Ecology Building, Lund University, SE-22362 Lund, Sweden.
• Rothamsted Research Centre, Harpenden-Hertfordshire (Inglaterra).
• Institute Nationale Recherche Agronomique, Clermont-Ferrand (Francia).
• Biogemma SAS, Clermont-Ferrand (Francia).
• Instituto de Botánica de Sao Paulo, Sao Paulo, Brasil.
• Instituto Max-Planck Colonia (Alemania).
• Universidad do ABC, Sao Paulo, Brasil.
• Departamento de Biologia da Faculdade de Ciências, Universidade do Porto, Portugal.
• Unit of Immuno-Microbio, Environnemental and Cancerogenesis (IMEC). Sciences Faculty of Bizerte, Tunez.
• Cytokine Research Laboratory, Department of Experimental Therapeutics at Texas University and MD Anderson Cancer Center. USA.
• Laboratorio de ¿Ingeniería Celular¿, Instituto de Investigación Hospital Universitario La Paz,
• Laboratorio de ¿Mecanismos de Acción de Drogas Antitumorales¿, del Centro de Investigaciones Biológicas- CSIC, Madrid.
• Laboratorio de ¿Detección precoz y tratamiento del Cáncer¿, del Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA).
• Stem Cells Program. Hopkins University (School of Medicine). USA.
• Laboratory of Pharmacognosy and Ethnopharmacology, UMR-MD3, Faculty of Pharmacy, University of the Mediterranean Aix-Marseille. Francia.
• VTT Technical Research, Centre of Finland.
• RMIT University, Melbourne, Australia.
• Instituto de Tecnología Química e Biológica (ITQB). Oeiras, Portugal.
• CNRS- Aix-Marseille Université, Francia.
• International Graduate School of Zittau, Alemania .
• University of Siena, Italia.
• Université Libre de Bruxelles, Bélgica.

La tramitación y defensa de la Tesis Doctoral no podrán realizarse hasta el curso académico siguiente desde la formalización de la matrícula del doctorando como estudiante del Programa de Doctorado en el cual defenderá dicha Tesis, debiendo mediar entre la fecha de matrícula y la de depósito al menos doce meses. En ese plazo, el estudiante deberá haber obtenido la evaluación positiva en los términos descritos en el artículo 4 del Reglamento de Elaboración, autorización y defensa de la Tesis Doctoral.

El doctorando, una vez terminada la elaboración de la Tesis Doctoral, la presentará para su aprobación, junto con el informe favorable del Director o Directores de Tesis, ante la Comisión Académica de cada Programa.

El artículo 5.4 del Reglamento de elaboración, autorización y defensa de la tesis doctoral de la Universidad de Alcalá establece que, si la Comisión Académica del Programa lo autoriza, la Tesis Doctoral podrá realizarse mediante el compendio de artículos del doctorando en publicaciones de reconocido prestigio. El número mínimo de artículos será de tres. La Tesis deberá incluir, además de los artículos, un resumen amplio que de coherencia al conjunto de la investigación, en el que se muestre la línea argumental de la misma, así como un capítulo de conclusiones. Se entenderá por publicaciones de reconocido prestigio las utilizadas para la obtención de complementos de investigación (sexenios) en el ámbito en el que se desarrolle la investigación.

El Programa de Doctorado en Biología Funcional y Biotecnología acepta la presentación de tesis doctorales por compendio de artículos con las consideraciones recogidas en los siguientes puntos:

1. Las Tesis Doctorales por compendio de artículos se basarán en, al menos, tres artículos publicados o aceptados para su publicación;
2. El doctorando deberá ser el primer autor (o, en su caso, primer coautor con igual participación) de, al menos dos, de dichos artículos;
3. El resto de coautores de cada artículo deberán otorgar su consentimiento explícito para que forme parte de una Tesis Doctoral por compendio de artículos y declararán que no emplearán dichos artículos en sus correspondientes Tesis Doctorales;
4. Los tres artículos deberán aparecer en publicaciones de reconocido prestigio, entendiéndose como tales a aquellas que dan derecho a la obtención de complementos de investigación (sexenios) en el ámbito en el que se desarrolle la investigación.
5. La Comisión Académica valorará cualquier posible excepción a esta normativa.

Los equipos de investigación que participan en el Programa de Biología Funcional y Biotecnología tienen, independientemente unos de otros, laboratorios, equipamiento e instalaciones que son desde hace años las infraestructuras en que se han desarrollado numerosos proyectos y en las que se han llevado a cabo múltiples tesis doctorales, entre las que las últimas han sido reseñadas en el apartado anterior. Se garantiza la utilización de las mismas instalaciones por parte de los doctorandos que se vinculen al nuevo programa. Completan estas instalaciones las propias de los Departamentos universitarios los que pertenecen los equipos de investigación: biblioteca de ciencias experimentales, aulas de seminarios, gabinete informático, etc.

Todos estos recursos y los que específicamente se indican a continuación disponen de las facilidades y diseño adecuado, de acuerdo con lo dispuesto en la Ley 51/2003, de igualdad de oportunidades, no discriminación y accesibilidad universal de las personas con discapacidad.

La Universidad de Alcalá dispone a su vez de varios servicios técnicos de apoyo a la investigación, como la Unidad de Cultivos, la Unidad de Biología Molecular, el Gabinete de Fotografía, el Centro de Microscopía Electrónica, etc. a los cuales se recurrirá en caso de que se requieran servicios específicos brindados por estos centros de apoyo, como se ha venido haciendo tradicionalmente en las Tesis de anteriores programas. En la Unidad de Cultivos Celulares se realizarán puntualmente algún experimento. Además este servicio dispone de microscopios de fluorescencia así como de microscopía confocal, que serán usados según las necesidades. El Servicio de Microscopía Electrónica dispone de todo el aparataje necesario para la inclusión y observación de material (ultramicrotomos, microscopio electrónico de transmisión, microscopio electrónico de barrido, etc.). La Unidad de Biología Molecular dispone de todo el aparataje y personal con la experiencia suficiente como para proporcionar el apoyo suficiente en el análisis de fragmentos, secuenciación de ADN, síntesis de oligonucleótidos, PCR cuantitativa, etc.

Los equipos de investigación implicados, disponen de la infraestructura informática necesaria para el desarrollo de los proyectos de investigación que los doctorandos que se incorporen al programa podrán utilizar. Todos los ordenadores de la Universidad están conectados en red, de tal forma que los doctorandos tienen acceso directo a la biblioteca, así como a la biblioteca electrónica (e_Buah -Biblioteca digital de la UAH -; MetAL ¿metabuscador-; SFX UAH -buscador de revistas-e-; Refworks -gestor bibliográfico-; Pasaporte Madroño -préstamo de fondos de bibliotecas universitarias de Madrid-; diferentes redes sociales científicas, etc.).

Recursos materiales específicos de que dispone el Equipo 1 (Genética y Fisiología)

En la Unidad de Genética de la Universidad de Alcalá se dispone de varios laboratorios de investigación, invernaderos, cámaras de cultivo y todos los elementos necesarios para la realización de Tesis doctorales relacionadas con la caracterización molecular y análisis de genes, análisis citogenético-molecular de la organización, estructura y función de SSRs, estudios de la estructura molecular de regiones genómicas repetitivas, cultivos in vitro de explantes vegetales, obtención de plantas transgénicas, estudios de diversidad genética para marcadores moleculares y bioquímicos en poblaciones, detección y cuantificación de la expresión génica, hibridación in situ, etc. toda la tecnología disponible se debe a la incorporación de numerosos aparatos y equipos incorporaos merced a los recursos para infraestructura de convocatorias oficiales y proyectos de investigación, desde la constitución de la Unidad en 1980. Merced al amplio repertorio de las tecnologías desarrolladas se han realizado numerosos proyectos con financiación pública y se han realizado los trabajos experimentales de una larga serie de Tesis doctorales.

Gran parte del equipamiento necesario para la ejecución de los proyectos de Tesis Doctorales está disponible en el Dpto. de Biología Vegetal de la Universidad de Alcalá, contando con la mayor parte de la infraestructura básica tal como: cámaras de cultivo, cabinas de flujo laminar, cámara fría, centrífugas de alta velocidad, espectrofotómetros de alta sensibilidad, termocicladores, cubetas de electroforesis de diferente tipo, fuentes de voltaje, transiluminadores de diferentes tipos, equipo de fotodocumentación, baños termostatizados, microcentrífugas, rotoevaporadores, autoclaves y otro equipamiento menor. Asimismo el grupo de investigación de las Dras Díaz-Sala y Abarca cuenta con un laboratorio de biología molecular de plantas completamente equipado.

Recursos materiales específicos de que dispone el Equipo 2 (Respuesta celular)

Se acaba de terminar la remodelación del edificio de Biología Celular y Genética, donde el Área de Biología Celular dispone de tres laboratorios de investigación en los que trabajará habitualmente el grupo de investigación. En este edificio, también se dispone de dos cuartos de Cultivos celulares totalmente equipados, la infraestructura necesaria para el procesamiento y almacenamiento de muestras, para la congelación del material (congeladores de ¿80ºC, -20ºC, frigoríficos, etc), para la inclusión en parafina (agitadores, estación de parafina, estufas, placas frias y de calor) y para el procesamiento de los bloques de parafina (microtomo de parafina Microm HM 330, criostato Microm, etc.).

Para la observación de las muestras se dispone de varios microscopios ópticos de la marca Olympus (SZX12, AH-2, BX51, etc.). Todos ellos llevan acoplado un sistema de fotografía digital, así como de tratamiento de la imagen. También se dispones de un cuarto oscuro con laboratorio fotográfico completo, donde puntualmente se podrían procesar algunas de las fotografías en blanco y negro.

Dispone también con el aparataje de rutina necesario de cualquier laboratorio: homogeneizadores de muestras, agitadores, placas calentadoras, pHmetro, micropipetas, balanzas, bomba de vacío, destilador de agua, estufas, campanas, etc. Para Western blot se dispone de espectrofotómetro para medir la concentración de proteínas mediante el método Bradford, aparataje necesario para electroforesis y transferencia de proteínas (Western blott). Para la toma y análisis de imagen procedentes de geles o western blot se cuenta con un analizador INFINITY-VX2-3000 (Vilbert), de reciente adquisición por varios investigadores del equipo.

Recursos materiales específicos de que dispone el Equipo 3 (Microbiología)

Los equipos con los que cuenta equipo del área de Microbiología y que está a disposición de los estudiantes de doctorado son, por un lado los necesarios para investigar en Microbiología (Campanas de flujo laminar: dos campanas Telstar y una campana de bio-seguridad Holten Bio Safe 1.2, cámara de incubación y estufas de cultivo, prensa French SLM-AMINCO, agitadores orbitales de cultivo, microscopios ópticos de distintos modelos, microscopio de fluorescencia (Olympus BH2), microscopio de contraste de fases con equipo de fotografía y video acoplado (Axiolab Zeiss), Frigoríficos (4-8°C), arcones congeladores de -20 °C y arcón congelador de -80 °C) así como dotación analítica suficiente para estudios fisiológicos, bioquímicos y genéticos de los procesos microbianos estudiados. Se dispone de equipos de cromatografía de alta eficacia (Cromatógrafo de Alta Resolución Rápida (UFLC) 1200 RRLC asociado a detector de diodos DAD SL Serie 1200 y a Detector de Índice de Refracción 1200 Agilent Technologies y FPLC GP 250 Plus asociado a detector UV/Vis (LKB-Pharmacia); equipos de electroforesis horizontal y vertical para proteínas y DNA; Sistema de electroforesis Uni-Code (BioRad) para DGGE y TGGE; termocicladores para amplificación de secuencias de DNA, horno de hibridación y cámara "cross-linker", espectrofotómetros UV/Vis (Beckman e Hitachi), Analizador de gases para CO 2 (Servomex 1440 Gas Analyser), Microtox ® M-500 Analyzer, además del material habitual de laboratorio como centrifuga refrigerada, centrífugas de mesa y microfugas eppendorf, centrífuga concentradora y liofilizador Christ-alfa 1-4, pH metros, etc.

Bolsas de Viaje y ayudas para la movilidad

Los doctorandos contarán con cuantos recursos externos, bolsas de viaje, dotaciones económicas de proyectos para viajes y ayudas específicas para la asistencia a congresos y estancias en el extranjero, necesarias para su formación. Hasta el momento la experiencia de los doctorandos anteriores vinculados a los equipos integrantes del programa de Biología Funcional y Biotecnología, ha sido la de la obtención de ayudas para la realización de estancias externas de formación en investigación. Estas ayudas han sido posibles por medio de las convocarías del Plan de Formación de Investigadores y otras ayudas oficiales previstas en los proyectos. Los investigadores y centros señalados en el apartado de Recursos Humanos garantizan la existencia de una
amplia oferta de grupos de investigación externos que acogerían a los doctorandos del programa.

Los alumnos del Programa podrán igualmente concurrir a las Ayudas que la Universidad de Alcalá convoca anualmente de "Movilidad del Personal Investigador en Formación". Estas ayudas tratan de potenciar la movilidad del Personal Investigador en Formación, como mejora del programa formativo y desarrollo de su tesis doctoral, incentivando estancias en centros extranjeros de reconocido prestigio, preferentemente en el Espacio Europeo de investigación. Estas convocatorias disponen de una dotación presupuestaria con cargo a los fondos correspondientes del Presupuesto anual de la Universidad (última dotación con cargo a la aplicación presupuestaria 0400M000.541.A645.07: ( Enlace). Los estudiantes de doctorado dispondrán de la información de este tipo de ayudas a través de la Web del Programa de Biología Funcional y Biotecnología y podrán canalizar sus solicitudes por via telemática a través de la opción "Convocatorias" disponible en el Portal del Investigador de la Wen de la Universidad de Alcalá.

El porcentaje de doctorandos que dispondrán de ayudas económicas para su formación en centros de investigación externos, a juzgar por las ayudas conseguidas en programas anteriores, se puede estimar en el 100%.

Orientación profesional de los doctorandos vinculados al programa.

Del mismo modo, se habilitará un servicio de orientación profesional para encauzar a los doctorandos en su proyección e inserción laboral en las instituciones industriales, investigadoras y sanitarias en los propios campos del programa. La experiencia de la inserción laboral de los doctorandos egresados de anteriores programas en los que participaban los equipos de investigación de este programa ha sido altísima.

La Universidad cuenta con un Servicio de Orientación y Promoción de Estudios que se encarga, entre otras funciones de la Orientación profesional y laboral. Para ello se encarga de apoyar a los estudiantes/titulados de la UAH en el establecimiento de un proyecto profesional personal que sea cierto, realizable, que le facilite su inserción en el mercado laboral y le entrene en habilidades y competencias necesarias para la búsqueda de empleo.

Para ello se trabaja a través de tutorías individualizadas que consisten en una atención personal, o de acciones grupales, es decir, talleres de búsqueda activa de empleo, entrevistas o adquisición de competencias.

Se trata de un programa integrador de los recursos de varias áreas conocimiento de la Biología de la Universidad de Alcalá, relacionadas con el estudio de los seres vivos a los niveles molecular, celular, individual y poblacional, con especial énfasis en el avance del conocimiento en los aspectos funcionales, las alteraciones, estudios de diversidad y evolución y en sus aplicaciones biotecnológicas. Las unidades de investigación que integran el programa tienen una gran experiencia en la dirección de Tesis doctorales, y disponen del marco adecuado en cuanto a Proyectos de investigación activos e instalaciones. Tradicionalmente, las unidades de investigación implicadas en el presente programa han mantenido colaboraciones puntuales y específicas con unidades de otras universidades, organismos o instituciones, nacionales e internacionales, que con frecuencia se han oficializado con convenios o acciones complementarias. Esto a su vez ha dado lugar a estancias, intercambio de investigadores, participación en seminarios y conferencias, etc. contribuyendo a la formación de los doctorandos.

En la actualidad se han establecido una serie de colaboraciones con otros centros, tanto de carácter público como privado a través de participación activa en programas de máster y proyectos de investigación:
Máster oficial de Biología Celular y Genética proveniente de la conversión del Programa de Doctorado Interuniversitario en Genética y Biología Celular de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM) y de la Universidad Complutense de Madrid (UCM), con Mención de Calidad (Ref. MCD2004-00329 desde el curso 2004-2005 hasta el 2010-2011) Se trata de una colaboración activa de profesores de las áreas de Biología Celular y Genética de las Universidades públicas madrileñas Complutense, Autónoma de Madrid y Alcalá para la formación de investigadores en el que ya se han formado numerosos doctores. El presente programa ofrece el marco adecuado para la realización de Tesis doctoral en las dos áreas de conocimiento que participan en el máster.

Los Investigadores del Equipo 1 ¿Bases moleculares, genéticas y fisiológicas de la Biología de las plantas¿ tienen diferentes colaboraciones de carácter bilateral con equipos de Investigación de otros Centros de Investigación Españoles o Extranjeros:

• Colaboración en un Proyecto de investigación de Profesores del área de Genética de la Universidad de Alcalá con el Departamento de Mejora Vegetal, del Centro de Agricultura Sostenible del Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Córdoba. En el momento presente la colaboración se plasma en la colaboración en el Proyecto ¿Participación española en la secuenciación y aislamiento de genes en trigo¿, de referencia BIO2009-07443-E/que dirige la Dra. Pilar Hernández Molina del CSIC y en el que participa el Dr. Nicolás Jouve de la UAH.

• Colaboración con el Dr. Michael Schmid, del Department of Human Genetics, University of Würzbug, Biozentrum. Am Hubland D-97074 Wúrzbug (Alemania).. El Dr. Schmid ha ofrecido su laboratorio para estancias de doctorandos del área de Genética, para el aprendizaje y aplicación de técnicas citogenéticas. Es Editor jefe de la revista Cytogenetic and Genome Research y su investigación principal Citogenética de Vertebrados la ha dedicado en gran parte al estudio de los Anfibios de los que ha publicado muchos artículos incluyendo monografías completas.

• Colaboración con los Dres. Nicholas Tinker, Research Scientist, Bioproducts and Bioprocesses, Agriculture & Agri-Food (Canada), y Eric N. Jellen, Ph.D. Professor & Chair, Department of Plant & Wildlife Sciences, Brigham Young University, (USA). Los Dres. Jellen y Tinker y el grupo de avena de la UAH forman parte del grupo CORE (Collaborative Oat Research Enterprise) en el que intervienen 27 grupos de investigación de organismos públicos, de los cuales 20 corresponden a Norteamérica y 7 distribuidos en Europa, Israel, Brasil y Australia. Este proyecto incluye investigadores especialistas en análisis de resultados, registro y conservación de variedades, mejora de cultivos, biología molecular o citogenética. Es en éste último campo donde el grupo de la UAH (único representante español) realiza su colaboración más estrecha y cuyos resultados han sido publicados en revistas científicas. Estos laboratorios podrán acoger a estudiantes de PhD.

• Colaboración con la Prof. Dra Lidia Poggio, Depto. Ecología, Genética y Evolución, Fac. Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, (Argentina). En el pasado, el grupo de Genética de la UAH ha favorecido la realización de tesis doctorales en sus instalaciones a doctorandos de la UBA, y se han realizado intercambio de profesores y doctorandos entre los grupos de Genética de la UAH y la UBA. La Dra. Poggio ha realizado estancias en la UAH colaborando en el desarrollo de diferentes líneas de investigación del área de Genética y obteniendo importantes resultados, que han sido publicados en colaboración en revistas científicas de amplia difusión entre la comunidad científica. El *nuevo programa favorecerá la acogida de estudiantes de PhD.

• Colaboración en Proyectos Coordinados financiados por el MEC/MICIIN/MINECO con la Universidad de Valencia y la U. de Murcia desde el año 2005, por parte de los profesores del Área de Fisiología Vegetal, dirigidos por el Prof. Leonardo Casano.

• Colaboración e intercambio de becarios-investigadores con sus homólogos de la Universidade do Porto (Portugal) que previsiblemente se incrementará con el establecimiento del programa de doctorado propuesto.

• Desde el año 2012 el Prof. L. Casano se desempeña como investigador externo en un Proyecto de investigación Instituto de Botánica de Sao Paulo sobre fisiología y bioquímica de plantas tropicales, financiado por la FAPESP. Asimismo, a partir de 2010 viene siendo invitado a impartir un curso de posgrado y a tutorizar alumnos en el Máster/Doctourado em Biodiversidade del Instituto de Botanica de Sao Paulo-Universidade de Sao Paulo (Brasil). Se prevé que a partir de 2014 comience un intercambio de estudiantes de posgrado entre estas Instituciones y la UAH.

• El grupo de Biotecnología Agroforestal, coordinado por la Prof. Carmen Díaz-Sala y en el que participa activamente la Prof. Ma. Dolores Abarca, viene colaborando con el CENTRO DE INVESTIGACION FORESTAL del INIA y con el IMIDRA (Comunidad de Madrid) en varios proyectos nacionales e internacionales de investigación relacionados con su temática específica. También participa y lidera varios consorcios internacionales de investigación como el que participa en la ¿Iniciativa internacional para la secuenciación del genoma de pino¿ los cuales continúan vigentes.

Los Investigadores del Equipo 2 "Respuesta Celular" tienen diferentes colaboraciones con otros equipos de Investigación de otros Centros de Investigación Españoles o Extranjeros.

Entre los Centros Nacionales:

• Colaboración con el Laboratorio de "Mecanismos de Acción de Drogas Antitumorales", del Centro de Investigaciones Biológicas- CSIC, Madrid. Dirigido por el Dr. Patricio Aller Tresguerres. Además de varias publicaciones conjuntas, también se puede acreditar un continuo flujo de Doctorandos entre ambas instituciones.

• Colaboración con el Laboratorio de "Ingeniería Celular", del Instituto de Investigación Hospital Universitario La Paz, Madrid. Dirigido por la Dra. Mª Paz González. Además de publicaciones conjuntas, en la actualidad se está tramitando una patente en la que han participado investigadores de ambos grupos.

• Colaboración con el laboratorio de "Detección precoz y tratamiento del Cáncer", del Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA). Dirigido por el Dr. Luis Montuenga. Con este laboratorio se mantienen numerosos contactos científicos, entre ellos la contratación de algún Doctorando de la Línea de Investigación del grupo de respuesta celular de la UAH.

• Colaboración con el grupo de Investigación "Reproducción Animal" del Departamento de Medicina y Cirugía Animal, Facultad de Veterinaria. Universidad de Murcia. Dirigido por el Dr. Luis Miguel Pastor. Se puede acreditar un continuo flujo de Doctorandos entre ambas instituciones.

Del mismo modo se mantiene relación con los siguientes Centros extranjeros:

• Colaboración con la "Unit of Immuno-Microbio Environnemental and Cancerogenesis" (IMEC). Sciences Faculty of Bizerte (Túnez). Dirigido por el Dr. Ridha Oueslati. Además de diferentes proyectos AECI-PCI compartidos (A/011430/07 y: A/017261/08), se han publicado diferentes trabajos en común e incluso se han intercambiado Doctorandos.

• Colaboración con el "Cytokine Research Laboratory", Department of Experimental Therapeutics, Texas University and MD Anderson Cancer Center (USA). Dirigido por el Dr. Bharat B. Aggarwal. Tradicionalmente ha acogido a nuestros Doctorandos para completar su formación.

• Colaboración con el "Stem Cells Program". Hopkins University (School of Medicine) (USA). Dirigido por el Dr. Peter J. Donovan. Tradicionalmente ha acogido a nuestros Doctorandos para completar su formación.

• Colaboración con el "Laboratory of Pharmacognosy and Ethnopharmacology", UMR-MD3, Faculty of Pharmacy, University of the Mediterranean Aix-Marseille (Francia). Dirigido por el Dr. E. Ollivier. Desde hace años se ha mantenido una colaboración cuyo fruto ha sido la publicación de varios trabajos de investigación.   

Los Investigadores del Equipo 3 "Potencial Biotecnológico y Degradativo de Microorganismos", tienen diferentes colaboraciones de carácter bilateral y privado con equipos de Investigación de otros Centros de Investigación Españoles o Extranjeros:

- Colaboraciones Universidades y Centros de Investigación nacionales relacionados con el Programa de Doctorado.
- Colaboraciones Universidades y Centros de Investigación internacionales relacionados con el Programa de Doctorado.

En el presente programa se prevé el impulso de este tipo de colaboraciones que facilitará la obligación por parte de los doctorandos del programa de seguir una estancia de formación en una unidad de investigación externa al programa, de un mínimo de dos meses a partir del segundo año de la realización de la Tesis doctoral.

• Colaboración con el grupo de investigación de los Dres. Angel Martínez y Mª Jesús Martínez del Centro de Investigaciones Biológicas del CSIC (Madrid), que trabajan en distintas aplicaciones biotecnológicas de enzimas de origen microbiano. Con este grupo hemos compartido Proyectos de ámbito europeo y pertenecemos a la misma Red Temática y al mismo grupo especializado (Grupo de Microbiologóa Industrial y Biotecnología Microbiana) de la Sociedad Española de Microbiología. Uno de sus componentes, el Dr Francisco Guillén, Profesor Doctor Contratado de la UAH, se incorporó al equipo 4 a través del Programa Ramón y Cajal. Se puede acreditar un continuo flujo de doctorandos e investigadores entre ambos grupos.

• Colaboración con los Dres. Javier Pastor y Pilar Diaz del departamento de Microbiología de la Universidad de Barcelona, especialistas en biotecnología de enzimas hemicelulolíticas, y con quienes colaboramos activamente en la organización de reuniones científicas. En este sentido, la Dra. Mª Enriqueta Arias y el Dr. Javier Pastor forman parte del Equipo directivo del grupo de Microbiología Industrial y Biotecnología Microbiana de la SEM.

• Colaboración con las Dras. Teresa Vicent y Gloria Caminal del Departamento de Ingeniería Química de la Universidad Autónoma de Barcelona, gracias a la cual se ha escalado por primera vez un proceso de Biooxidación avanzada de un fármaco (carbamacepina) con el hongo Aspergillus niger. También es habitual el intercambio de doctorandos e investigadores, así como la publicación conjunta de diversos artículos científicos.

• Colaboración con la Dra. Mª Eugenia Eugenio del Instituto de Investigación y Tecnología Agraria y Agroalimentaria INIA (Madrid) y con la Dra Teresa Vidal de la Escuela Técnica Superior de Ingenierías Industriales y Aeronáuticas de Tarrasa. Con estas investigadoras, especialistas en la producción de pasta papel, la colaboración se he centrado en la aplicación de nuestras enzimas microbianas en la obtención de pastas de papel mediante procesos amigables con el medio ambiente. Los resultados obtenidos se han difundido en congresos nacionales e internacionales y han dado lugar a diversas publicaciones conjuntas.

• Colaboración del Dr. José María Barrasa con el Dr. Victor Jiménez Rico del Departamento de Biología Vegetal de la Facultad de Farmacia de la Universidad Complutense. especialista en líquenes. Esta relación se centra en el estudio sistemático y taxonómico de hongos Basidiomicetes liquenizados, y los resultados se han publicado en diversos artículos científicos.

• Colaboración en un Proyecto de Investigación Coordinado de profesores del área de Microbiología de la Universidad de Alcalá con los Dres. Francisco González-Vila y José Antonio González-Pérez del Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Sevilla (CSIC). Desde hace años la colaboración ha sido intensa, tanto en el intercambio de investigadores como en la organización de diversos congresos y en la elaboración de distintos artículos científicos. Es de destacar que gracias a esta colaboración el área de Microbiología ha iniciado una nueva línea de investigación centrada en la identificación de indicadores microbianos de ecosistemas degradados (suelos forestales incendiados) utilizando técnicas moleculares para el análisis de poblaciones naturales.

• Colaboración con el Prof. Andrew S. Ball, actualmente en la RMIT University de Melbourne (Australia). Esta colaboración se inició en 1993 a través de varias Acciones Integradas Hispano-Británicas en su anterior destino en la Universidad de Essex en el Reino Unido. Durante estos años, ha habido un continuo intercambio de doctorandos y profesores que ha dado lugar a numerosas publicaciones y comunicaciones a congresos internacionales. El Prof. Ball ha sido Profesor Visitante en nuestra universidad, y se pretende establecer un convenio de intercambio de estudiantes entre la UAH-RMIT, con el apoyo de la Embajada de Australia en España.

• Colaboración con la Prof. Liisa Viikari y con la Dra. A. Suurnakki del VTT Technical Research Centre of Finland. Existe una colaboración fructífera entre ambos grupos, mediante la participación en Proyectos Europeos y en Acciones COST. Además, estas investigadoras han acogido a nuestros estudiantes de doctorado para complementar su formación y a investigadores postdoctorales para desarrollar aplicaciones biotecnológicas novedosas. Fruto de la colaboración, se han publicado diversos artículos científicos.

• Colaboración con la Dra. L. Martins del Instituto de Tecnología Química e Biológica (ITQB) Oeiras (Portugal). Esta colaboración se ha iniciado recientemente con objeto de ampliar la formación de nuestros doctorandos en aspectos físico-químicos de enzimas microbianas.

• Colaboración con el Dr. Prof. M. Hofrichter.International Graduate School of Zittau (Alemania), especialista en Espectrometría de Masas de compuestos aromáticos. Esta colaboración, también iniciada recientemente, nos permitirá la identificación de los intermediarios de degradación de diversos compuestos xenobióticos utilizando procesos de biooxidación avanzada.

Doctorado en Ciencias de la Salud. Plan 1393/2007

El Sistema de Garantía de Calidad incluye el conjunto de estructuras responsables de tomar decisiones para evaluar y mejorar la calidad, los procedimientos para fijar objetivos (criterios/directrices de calidad), la manera en que se mide (indicadores) y los planes de trabajo en los que se apoya.

Una subcomisión, de la Comisión Académica del Programa de Doctorado será la responsable del SGC del Programa, y estará compuesta por:

• Manuel Hernández Cutuli (Coordinador del Programa)
• María del Mar Royuela García (Representante de las líneas de investigación)
• Manuel Hernández Cutuli (Representante de las líneas de investigación)
• María Gallego García (Estudiante del Programa)